Les kystes sébacés correspondent à des bosses initialement inoffensives qui se développent lentement sous la peau et contiennent du liquide et une substance semi-solide. Ils apparaissent généralement sur le cuir chevelu, le visage, le tronc et le dos, c'est-à-dire sur les parties du corps abritant de nombreuses glandes sébacées. Ces grosseurs surviennent généralement suite à la rupture d'un follicule pilo-sébacé, sous l'effet d'une accumulation de sébum et de kératine dans la structure. Il est également supposé que certains kystes sébacés ont une origine génétique. Les kystes peuvent garder leur taille initiale ou se développer progressivement. Parfois, ils s'enflamment ou se rompent soudainement, risquant alors de s’infecter.
L'intérieur d'un kyste sébacé, composé de kératine et de sébum, est normalement protégé par une fine membrane, appelée capsule ou paroi kystique, faite de cellules épidermiques et kératinisées et séparant la masse interne des tissus environnants et de l'extérieur. Cependant, lorsque la surface du kyste sébacé est fragilisée, suite à des frottements répétés ou à des manipulations par exemple, elle peut se fissurer et donner l'opportunité aux bactéries présentes à la surface de la peau, telles que Cutibacterium acnes et Staphylococcus aureus, de pénétrer à l'intérieur du kyste.
Une fois les bactéries à l'intérieur, elles se multiplient rapidement grâce au sébum et aux débris cellulaires qu'elles trouvent et qui leur servent de nutriments. En réponse à la colonisation bactérienne dans le kyste sébacé, l'organisme déclenche une réponse immunitaire, conduisant à la formation de pus, un mélange de bactéries, de cellules et de neutrophiles, des globules blancs. Or, le pus augmente la pression à l'intérieur du kyste sébacé, provoquant un gonflement visible. Le kyste devient alors rouge et douloureux, témoignant de l’inflammation locale.
Il est également possible qu'un kyste sébacé s'enflamme alors même qu'il n'y a pas de colonisation bactérienne. Cette inflammation, qualifiée d'aseptique, est souvent le résultat de la rupture de la paroi de l'excroissance à l’intérieur de la peau. Ce phénomène provoque la libération du sébum et de la kératine du kyste sébacé dans les tissus environnants, ce qui déclenche une réaction inflammatoire. Les macrophages sont alors mobilisés pour phagocyter ces débris, mais créent des rougeurs et une sensation de chaleur dans la zone. Le port de vêtements serrés ou les frottements au niveau du kyste sébacé peuvent exacerber les processus inflammatoires en induisant une irritation locale et en facilitant la rupture de la paroi kystique, et donc la pénétration de bactéries.